扫描电子电镜主要是利用二次电子信号成像来观察样品的微观表面形貌，可观察到微米级、纳米级的形貌。现在该仪器主要用于地质、材料、微生物等各个方面。此外，仪器还配备有能谱探头和阴极荧光探头。能谱探头主要是配合扫描电镜使用，可得到样品的微区成分，包括元素种类及其含量，而阴极荧光探头则主要用来观察锆石环带。